Диагностика хронического энтерита включает в себя общий и биохимический анализы крови, копрологическое и бактериологическое исследования кала, УЗИ печени, желчных путей, поджелудочной железы, эндоскопические методы исследования кишечника с прицельной биопсией. В общем анализе крови больных хроническим энтеритом выявляется наличие анемии, в биохимическом анализе снижение количества белка, холестерина. При копрологическом исследовании обнаруживают непереваренные жир (стеаторею), мышечные волокна (креаторею), внеклеточный крахмал (амилорею), клетчатку, повышенное число слизи и лейкоцитов. При бактериологическом исследовании выявляется дисбактериоз.

Хронический энтерит диагностируют на основании характерной клинической картины заболевания, данных пальпации, проведенных копрологических и рентгенологического исследований. Другие из перечисленных выше методов исследований имеют дополнительное значение.  Дифференциальный диагноз хронического энтерита в первую очередь необходимо провести с бактериальной и амебной дизентерией, лямблиозом. В этих случаях, помимо характерной для этих заболеваний клинической картины, установлению правильного диагноза помогают проведенный эпидемиологический анамнез, бактериологическое исследование испражнений или слизи, взятой со стенки прямой кишки при ректороманоскопии. Симптомы, близкие к таковым при хроническом энтерите, могут давать алиментарные диспепсии (бродильная, гнилостная и жировая), возникающие при нерациональном питании, дискинезии кишечника, хронический панкреатит и так называемые агастральные энтеропатии, развивающиеся после резекции желудка, гастрэктомии и в ряде случаев при хроническом атрофическом гастрите с секреторной недостаточностью. В тяжелых случаях хронического энтерита следует отличать его от спру. Сравнительно редкой своеобразной формой хронического энтерита является региональный энтерит (болезнь Крона), который протекает чаще всего с преимущественным прогрессирующим поражением подвздошной кишки, лихорадочным состоянием, гипер-А- и Y-глобулинемией. Однако следует иметь в виду возможность врожденных энзимодефицитных энтеропатий - глютеновой, дисахаридазоде-фицитной и т. д., диагноз которых в первую очередь устанавливается назначением диеты с последовательным исключением из пищи мальтозы, сахарозы, лактозы, трегалозы, а также продуктов, включающих глютен-белок клейковины некоторых злаковых, содержащийся в пшенице, ржи, ячмене, овсе. Пробы с нагрузкой различными дисахарами и глиадином (продукт неполного расщепления глютена) вызывают резкое обострение симптомов этих заболеваний и также подтверждают этот диагноз. В запущенных случаях дисахаридазоде-фицитные и глютеновая энтеропатий могут трансформироваться в хронический энтерит. С диареей, болями в животе, прогрессирующим снижением массы тела больных могут протекать экссудативная энтеропатия (неясной природы прогрессирующее заболевание, характеризующееся расширением лимфатических сосудов кишечной стенки и повышенной экссудацией плазменного белка в просвет тонкой кишки), интестинальная липодистрофия (болезнь Уиппла), а также неспецифический язвенный колит.